酵素（enzyme）とは生体内で起こる化学反応を触媒する物質（タンパク質）で、要するにそれ自身では生活機能を持たないが、他の物質に対して触媒的に活性作用を有するタンパク質のことです。

　大きさは非常に小さく顕微鏡などでは見えません。構造は20数種類のアミノ酸が様々な組み合わせで結合してできているポリペプチド鎖です。このポリペプチド鎖は直線状ではなく、ラセン状となっており、さらにラセン構造が折り畳まれ立体的な球状の構造となっています。

　酵素は立体構造の一部分に活性中心（active center）というものを持っており、その構造に適合する基質（substrate）が結合し触媒作用を発揮します。この酵素と基質との特異的な結合の性質を基質特異性と呼んでいます。

　酵素は触媒作用によって基質（タンパク質、糖質、脂質など）を分解・合成・酸化・還元などを行うことができます。これによってタンパク質、糖質、脂質などの構造を変えて、新たな味・香り・テクスチャー・色をもつ物質をつくりだすのです。

　酵素は国際生化学連合によって定義された、酵素番号（Enzyme Commission Number）という４桁の番号（たとえばEC 3.2.1.1）によって分類されています。

　名称は系統名と推奨名とが設けてあり、系統名は一定の法則によってつくられ、始めに基質名を、後の部分に反応を表す語をつけ〜aseで終っています。推奨名は酵素番号を定める以前から使われていた呼び方で、酵素の作用する基質にaseをつけたものです。

酵素名やEC番号・分類など詳しくはこちら、IUBMB、ExPASyで調べられます。

　それでは実際にこの酵素たちがどのような働きをしているか見てみましょう。ちなみにどの微生物がどのような酵素を生産しているかは、まだ全て解明されてはいません。よってどの食品にどの酵素が働いているかも全ては分かっていません。だからこそ微生物を利用した醸造・発酵食品分野は神秘の世界となっているのです。